W dniu 14 maja 2025 r. zapadł korzystny dla naszego Klienta wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie o sygn. akt III SA/Wa 2752/24.
Sprawa była wielowątkowa i dotyczyła szeregu zarzutów naruszenia przepisów przez organy podatkowe, jednak kluczowa dla sprawy była podnoszona przez nas kwestia przedawnienia zobowiązań podatkowych w podatku VAT z uwagi na brak skuteczności zawiadomienia podatnika o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia podatkowego w trybie art. 70c Ordynacji podatkowej.
W sprawie mieliśmy bowiem do czynienia z dwoma postępowaniami karnymi, jedno stricte karno-skarbowe, gdzie jako pełnomocnicy podnosiliśmy dodatkowy zarzut instrumentalnego wszczęcia tego postępowania. Sąd nie podzielił jednak tej argumentacji.
W odniesieniu do drugiego z postępowań, to organ wystosował zawiadomienie o rozpoczęciu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych na podstawie wszczętego śledztwa o przestępstwo określone w art. 299 § 1 i 5 kk. Sąd przychylił się do naszego stanowiska wyrażonego w skardze, że takie śledztwo nie ma bezpośredniego związku z postępowaniem wymiarowym. Dalsze losy tego postępowania, w tym zmiana kwalifikacji czynu nie mają znaczenia dla biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Oceny, czy doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, dokonuje się na chwilę wszczęcia postępowania. Tym samym przedmiotowe postępowanie nie ma żadnego wpływu na bieg terminu przedawnienia zobowiązania w podatku VAT Spółki.
Takie stanowisko wyraził wcześniej Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 09 kwietnia 2024 r. sygn. akt I FSK 662/23.
Ponadto w przedmiotowym wyroku Sąd odniósł się do wadliwie przeprowadzonego przez organy podatkowe postępowania dowodowego w zakresie badania dobrej wiary po stronie Spółki. Sąd ocenił negatywnie prezentowaną przez organy ocenę w tym zakresie, wskazując że została ona oparta na dalekich domniemaniach.
Obecnie oczekujemy na uzasadnienie ustne przedmiotowego wyroku. Stanowisko Sądu w tej sprawie może mieć znaczenie też dla innych podobnych spraw, zarówno w kontekście przedawnienia zobowiązań podatkowych jak i oceny dobrej wiary po stronie podatnika w kwestionowanych przez organy transakcjach.